映辉宇宙中，维雅的团队在净化熔炉时，发现黑色黏液的源头是一块嵌在炉心的混沌碎片。当他们试图取出碎片时，整片宇宙的光影突然坍缩，形成吞噬一切的「暗域黑洞」。维雅带领队员以自身为光源，用最后的力量点亮「光明结界」，才勉强稳住局势。

数据灵体宇宙里，赛博的团队与熵化主脑展开殊死搏斗。他们发现主脑的能量来源是图书馆深处的「混沌数据池」，便冒险将杀毒矩阵改造成「数据漩涡发生器」，试图将主脑吸入池中同归于尽。关键时刻，一名队员为保护设备，主动引爆自己的数据灵体，引发的能量震荡为计划争取到了宝贵时间。

雷恩在共鸣塔中与混沌意志体激战，他意识到单纯的摧毁无法解决问题。当全宇宙文明将最后的信念之力汇聚而来，雷恩引导这些力量注入平衡印记残片，发动「溯源净化诀」。金色光芒与暗紫色能量碰撞，共鸣塔轰然倒塌，但在废墟中，雷恩发现仍有极细的暗紫色丝线渗入宇宙暗物质层。

战后，虽然大规模危机暂时解除，但觉醒者们明白，混沌碎片如同埋在宇宙各处的定时炸弹。雷恩下令在全宇宙建立「星链监测网」，并着手培养新一代守护者。而在宇宙最阴暗的角落，那些未被清除的混沌丝线正在编织更复杂的网络，一场更凶险的风暴，正在黑暗中酝酿。