成功挫败“暗影议会”的阴谋后，宇宙联盟迎来了一段短暂的休整期。然而，秦宇却始终无法放松警惕，那神秘的匿名通讯以及“暗影议会”背后隐藏的诸多谜团，像一团迷雾笼罩在他心头。他深知，此次的胜利只是暂时击退了眼前的威胁，宇宙深处还有更多未知的危险在等待着他们。

在对“暗影议会”遗留资料的深度研究中，科研人员发现了一些令人震惊的线索——这些线索指向了一个被尘封已久的远古文明，以及一个关于多元宇宙的惊人秘密。据资料记载，远古文明曾掌握着穿梭多元宇宙的技术，他们在不同的宇宙间进行探索和交流，但一次意外的实验引发了多元宇宙的失衡，导致各个宇宙之间的界限开始变得模糊，一些邪恶势力趁机从其他宇宙渗透进来，对现有宇宙的稳定构成了巨大威胁。

秦宇意识到，要彻底解决宇宙面临的危机，就必须深入了解多元宇宙的奥秘，找到修复宇宙界限的方法。于是，他组织了一支由顶尖科学家、战士和探险家组成的特别行动队，踏上了寻找远古文明遗迹的征程。

根据线索，他们来到了一个遥远而神秘的星系。这个星系弥漫着一股古老而神秘的气息，行星表面布满了奇异的符文和建筑遗迹，仿佛在诉说着曾经的辉煌。在探索过程中，行动队遭遇了各种未知的危险，有隐藏在暗处的致命陷阱，还有被激活的古老防御系统。但队员们凭借着顽强的意志和精湛的技艺，一次次化险为夷。

终于，他们在一颗荒芜的星球上找到了远古文明的核心遗迹。遗迹内部结构复杂，布满了各种高科技装置和神秘的符号。科学家们立刻投入到紧张的研究工作中，试图解读这些符号背后的信息。经过数日的努力，他们成功破解了部分信息，得知远古文明曾建立了一个“宇宙平衡枢纽”，这个枢纽是维持多元宇宙稳定的关键所在，但在那场意外之后，枢纽遭到了严重破坏，被分散到了各个宇宙之中。

要修复“宇宙平衡枢纽”，就必须找回分散在多元宇宙中的枢纽碎片。然而，穿梭多元宇宙谈何容易，不仅需要强大的能量支持，还可能面临来自其他宇宙的未知危险。但秦宇没有丝毫退缩，他带领行动队开始着手准备穿梭多元宇宙的设备。

在准备过程中，他们突然收到了来自其他宇宙的求救信号。信号显示，一个名为“和谐宇宙”的平行宇宙正遭受着一股强大黑暗势力的侵袭，这个黑暗势力似乎与之前的“暗影议会”和黑暗生物有着某种联系。秦宇深知，不能对其他宇宙的危机坐视不管，否则多元宇宙的失衡将进一步加剧。于是，他决定带领行动队先前往“和谐宇宙”，帮助那里的文明对抗黑暗势力。

当他们穿越宇宙界限，进入“和谐宇宙”时，被眼前的景象惊呆了。整个宇宙被黑暗笼罩，许多星球已经沦为废墟，幸存的文明在黑暗中苦苦挣扎。秦宇和行动队立刻投入到战斗中，与黑暗势力展开了激烈的交锋。